Wissenschaftliche Leiterin | Head of Biomedical Image Informatics Group, Biomedical Image Informatics
buehler(at)vrvis.at +43 1 908 98 92 401Zusammen mit Partnern aus Wissenschaft (Wulf Haubensack Labor Meduni Wien, vormals IMP Vienna) und Industrie (Boehringer Ingelheim) entwickelt die Biomedical Image Informatics-Forschungsgruppe des VRVis BrainTrawler – ein webbasiertes visuelles Analysewerkzeug, welches Echtzeitzugriff auf sehr große Daten erlaubt („spatial index“): braintrawler.vrvis.at
Dieses Tool vereint erstmals mehrere offene Gehirndatensätze von Mäusen und Menschen in einem Werkzeug und ermöglicht es via niederschwelliger Benutzeroberfläche Neurowissenschaftlerinnen und Neurowissenschaftlern einen ersten Überblick darüber zu bekommen, was in welchen Daten steckt – die Basis für neurowissenschaftliche Forschungsarbeit.
Bei BrainTrawler lag der Fokus auf Visualisierungstechniken und Interaktivität, um die in den Daten steckende Information direkt visualisieren zu können. BrainTrawler ist außerdem für die üblichen neurowissenschaftlichen Workflows konzipiert und ermöglicht es bei bestimmten Gehirnregionen die Genexpressionsdaten und das Konnektom des Gehirns zu untersuchen – um beispielsweise die zugrundeliegenden Dynamiken für ein bestimmtes menschliches oder tierisches Verhalten zu verstehen. Ebenso können die NutzerInnen mithilfe von BrainTrawler Muster in Genexpression erkennen, Kombinationen von Gendaten und strukturellen und funktionalen Zusammenhängen im Gehirn untersuchen. Umfangreiche Anleitungen zu den Datensätzen und den Möglichkeiten von BrainTrawler helfen den Forschenden sich rasch zu orientieren und die Kapazitäten voll auszuschöpfen – ein wesentlicher Beitrag, um die Gehirnforschung zu unterstützen und zu beschleunigen.
Anwendung für neurobiologische Daten
BrainTrawler ist ein webbasierendes Framework zur Untersuchung heterogener neurobiologischer Daten von Mäusen und Menschen. Mittels räumlicher Indexierung ermöglichen wir die Analyse von Genexpressiondaten und komplexen Gehirnnetzwerken in Echtzeit. Eine Zuordnung der Daten zu hierarchisch organisierten anatomischen Strukturen ermöglicht die Suche auf verschiedenen anatomischen Ebenen. Zusammen mit intuitiver Netzwerk-Visualisierung, iterativen visuellen Abfragen und quantitativen Informationen ermöglicht BrainTrawler die genetische Dissektion multimodaler Netzwerke auf lokaler/globaler Ebene im räumlichen Kontext.
Einzigartige Sammlung mehrerer, öffentlicher Gehirndatensätze
BrainTrawler Lite bündelt erstmals mehrere offene Gehirndatensätze in einem Werkzeug: eine wesentliche Arbeitserleichterung für die Neurowissenschaft. Eine einzigartige Sammlung öffentlicher neurowissenschaftlicher Datensätze von Brain Transcriptomic And Connectivity Data (BrainTACO) einschließlich (fast) hirnweiter scRNA seq-Daten.
Multimodale und mehrskalige Analyse
BrainTrawler ermöglicht mit der multimodale Analyse die gemeinsame Erkundung verschiedener Modalitäten wie Microarray-Genexpressionsdaten oder Konnektivitätsdaten. Bei der multiskaligen Analyse wird die gemeinsame Untersuchung von Daten auf Regional- und Voxel-Ebene durch Abbildung auf denselben Referenzraum ermöglicht.
Echtzeitberechnungen auf großen Datenmengen
Echtzeitberechnungen auf großen Datenmengen durch unsere räumliche Indizierungstechnik. Das VRVis entwickelt seit rund 25 Jahren hochperformante, datengetriebene Lösungen für die Neurowissenschaft.
BrainTrawler ist kostenlos und öffentlichen zugänglich:
Lizenzinformationen sowie Informationen über die Zusammenarbeit an einem gemeinsamen Forschungsprojekt sind auf Anfrage erhältlich. Bitte kontaktieren Sie Dr. Katja Bühler oder DI Dr. Gerd Hesina unter products(at)vrvis.at!