BrainTrawler ist ein webbasiertes Data-Science-Werkzeug zur Erforschung heterogener neurobiologischer Daten von Mensch und Maus. BrainTrawler ist mehrfach publiziert und entstand in jahrelanger Forschungskollaboration des VRVis mit Meduni Wien, Boehringer Ingelheim und IMP Vienna.
Wissenschaftliche Leiterin | Head of Biomedical Image Informatics Group, Biomedical Image Informatics
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BrainTrawler bei FENS 2024 vorgestellt: VRVis mit vier Beiträgen auf dem größten neurowissenschaftlichen Kongress Europas vertreten. Weitere Informationen
Um die Kluft zwischen ständig wachsenden Datensätzen und fehlenden Plattformen zur Integration und Erkundung heteregogener, neurowissenschaftlicher Daten zu überbrücken, entwickelte VRVis die Software BrainTrawler: ein webbasiertes visuelles Analysewerkzeug, welches Echtzeitzugriff auf sehr große Daten erlaubt („spatial index“): braintrawler.vrvis.at
Dieses Tool enstand aus jahrelanger Forschungsarbeit mit Partnern aus Wissenschaft (Wulf Haubensack Labor Meduni Wien, vormals IMP Vienna) und Industrie (Boehringer Ingelheim). Es vereint erstmals mehrere offene Gehirndatensätze von Mäusen und Menschen in einem Werkzeug und ermöglicht es via niederschwelliger Benutzeroberfläche Neurowissenschaftlerinnen und Neurowissenschaftlern einen ersten Überblick darüber zu bekommen, was in welchen Daten steckt – die Basis für neurowissenschaftliche Forschungsarbeit. Die jüngste Erweiterung von BrainTrawler wurde in Communications Biology (nature) publiziert: BrainTACO: An Explorable Multi-Scale Multi-Modal Brain Transcriptomic And Connectivity Data Resource.
Anwendung für neurobiologische Daten
BrainTrawler ist ein webbasierendes Framework zur Untersuchung heterogener neurobiologischer Daten von Mäusen und Menschen. Mittels räumlicher Indexierung ermöglichen wir die Analyse von Genexpressiondaten und komplexen Gehirnnetzwerken in Echtzeit. Eine Zuordnung der Daten zu hierarchisch organisierten anatomischen Strukturen ermöglicht die Suche auf verschiedenen anatomischen Ebenen. Zusammen mit intuitiver Netzwerk-Visualisierung, iterativen visuellen Abfragen und quantitativen Informationen ermöglicht BrainTrawler die genetische Dissektion multimodaler Netzwerke auf lokaler/globaler Ebene im räumlichen Kontext.
Einzigartige Sammlung mehrerer, öffentlicher Gehirndatensätze
BrainTrawler Lite bündelt erstmals mehrere offene Gehirndatensätze in einem Werkzeug: eine wesentliche Arbeitserleichterung für die Neurowissenschaft. Eine einzigartige Sammlung öffentlicher neurowissenschaftlicher Datensätze von Brain Transcriptomic And Connectivity Data (BrainTACO) einschließlich (fast) hirnweiter scRNA seq-Daten.
Multimodale und mehrskalige Analyse
BrainTrawler ermöglicht mit der multimodale Analyse die gemeinsame Erkundung verschiedener Modalitäten wie Microarray-Genexpressionsdaten oder Konnektivitätsdaten. Bei der multiskaligen Analyse wird die gemeinsame Untersuchung von Daten auf Regional- und Voxel-Ebene durch Abbildung auf denselben Referenzraum ermöglicht.
Echtzeitberechnungen auf großen Datenmengen
Echtzeitberechnungen auf großen Datenmengen durch unsere räumliche Indizierungstechnik. Das VRVis entwickelt seit rund 25 Jahren hochperformante, datengetriebene Lösungen für die Neurowissenschaft.
Medienberichte über BrainTrawler
